O Reitor é o órgão superior de governo e representação externa da Universidade, a quem compete conduzir a política da instituição e presidir ao Conselho de Gestão e ao Senado.
É eleito pelo Conselho Geral da U.Porto de entre o corpo docente e de investigadores da U.Porto ou de outras instituições nacionais ou estrangeiras. Constitui uma Equipa Reitoral, da qual fazem parte os Vice-Reitores e os Pró-Reitores, sendo ainda auxiliado pelo Administrador da Universidade.
Atualmente, o Reitor da Universidade do Porto é António de Sousa Pereira, eleito para um mandato de quatro anos (2022-2026).
Aprova os Estatutos da Universidade, homologa as deliberações do Conselho Geral relativas à constituição e destituição do Reitor e nomeia ou destitui o Conselho de Gestão. Cabe-lhe ainda propor e autorizar a aquisição ou alienação de património imobiliário da instituição, assim como homologar as deliberações do Conselho Geral referentes aos planos estratégicos de ação e às linhas gerais de orientação da Universidade e aprovar os planos anuais de atividades e a proposta de orçamento e de contas anuais.
Entre as competências do Conselho Geral incluem-se, por exemplo, a eleição do Reitor da Universidade e a aprovação da fixação do valor das propinas, do plano e relatório de atividades anuais consolidados, dos planos estratégicos de médio prazo da Universidade e das suas faculdades e das linhas gerais de orientação da instituição no plano científico, pedagógico, financeiro e patrimonial. Na Universidade do Porto, o Conselho Geral é constituído por 23 membros assim distribuídos: 12 representantes dos docentes e investigadores, um representante dos funcionários não docentes e não investigadores, quatro representantes dos estudantes, aos quais se juntam seis personalidades externas cooptadas pelos membros eleitos.
Conduz a gestão administrativa, patrimonial e financeira da Universidade, além de fazer a gestão dos seus recursos humanos.
Órgão consultivo que tem por missão assegurar a coesão da U.Porto e a participação de todas as Unidades Orgânicas na sua gestão.
Defende e promove os direitos e interesses de toda a comunidade académica. O gabinete da Provedoria é constituído pelo Provedor do Docente e Investigador, pelo Provedor do Funcionário Não Docente e Não Investigador e pelo Provedor do Estudante.
Controla a legalidade, regularidade e boa gestão financeira e patrimonial da Universidade e é designado por despacho conjunto do ministro responsável pela área das finanças e do ministro da tutela, ouvido o Reitor.