Professora no Departamento de História, Estudos Políticos e Internacionais da Faculdade de Letras da Universidade do Porto e coordenadora científica do Centro de Investigação CITCEM (Centro Transdisciplinar Cultura, Espaço e Memória).
Os seus interesses incluem o estudo de redes sociais e económicas, comunidades marítimas e dinâmicas de redes informais e auto-organizadas na Época Moderna. História portuária, implicações ambientais da colonização europeia, migrações, tranferências de conhecimento, processos de globalização, mecanismos informais na construção de impérios ultramarinos, o papel das mulheres em processos de colonização são temas-chave das suas recentes linhas de investigação.
A sua atividade lectiva está centrada em metodologias de investigação científica aplicadas às Ciências Sociais, na sua maioria relacionadas com estudos transdisciplinares, a História da Expansão Ultramarina Português e a História da Colonização Europeia.
Amélia Polónia é diretora do Mestrado em Estudos Africanos, foi membro do Comité Científico do programa de doutoramento Erasmus Mundus TEEME (Text and Event in Early Modern Europe) (http://www.teemeurope.eu/), e é membro do MOVES - Migration and Modernity: Historical and Cultural Challenges, um European Joint Doctorate do programa Marie Skłodowska-Curie.