Nadir Afonso Rodrigues nasceu em Chaves a 4 de dezembro de 1920. Filho do poeta Artur Maria Afonso, natural de Montalegre, e de Palmira Rodrigues, natural de Boticas, e irmão de Lereno e de Fátima, esteve para se chamar Orlando, mas, por sugestão de um amigo do pai, foi registado com um nome de origem persa e hebraica. Nadir significa raro, em hebreu.
Com apenas quatro anos de idade pintou a vermelho um círculo bem delineado nas paredes da sala da sua casa e aos catorze anos realizou as primeiras pinturas a óleo.
Depois de concluídos os estudos liceais em Chaves, partiu para o Porto, em 1938, a fim de ingressar no curso de Pintura da Escola de Belas Artes do Porto, mas, no momento da inscrição, foi aconselhado pelo funcionário da escola que o recebeu a esquecer a Pintura e a optar pela Arquitetura, um curso que aquele considerava ser mais prestigiante. A sua paixão pela pintura não esmoreceu. Nadir continuou a pintar e, em 1940, estreou-se a expor. Nos anos seguintes, os do Período Surrealista da sua Pintura, participou em todas as exposições do Grupo dos Independentes, até 1946, na IX Exposição de Arte Moderna do Secretariado Nacional de Informação (1944), em Lisboa, e na Missão Estética de Évora (1945). Em 1943 escreveu os primeiros estudos sobre o fenómeno da Ótica, um tema que o interessava há algum tempo. Dois anos mais tarde vendeu a obra "A Ribeira" ao Museu de Arte Contemporânea de Lisboa e a sua pintura entrou no Período Irisado. Em 1946 fixou-se em Paris. Nesta cidade frequentou a École des Beaux-Arts, beneficiou de uma bolsa de estudo do governo francês, alcançada por intermédio do pintor brasileiro Portinari (1903-1962) e colaborou no atelier do famoso arquiteto Le Corbusier (pseudónimo de Charles-Edouard Jeanneret-Gris, 1887-1965). No ano seguinte, durante as manhãs, altura em que estava dispensado do trabalho no gabinete de arquitetura, trabalhou nas suas telas da fase Barroca, que pintava, entre outros locais, no atelier do pintor francês Fernand Léger (1881-1955).
Em 1948 defendeu na ESBAP a tese "A Arquitectura não é uma Arte", orientada por Le Corbusier, e iniciou o período pictórico Egípcio.
Em 1949 fixou-se na Normandia onde se associou à recuperação de cidades arrasadas pela II Guerra Mundial e expôs no Porto, na Galeria Fantasia.
Em 1950, ainda em França, voltou a colaborar com o mestre Le Corbusier. No ano seguinte trocou a Europa pelo Brasil, onde trabalhou com o arquiteto Óscar Niemeyer (1907-), designadamente nas comemorações do IV Centenário da Cidade de S. Paulo.
Quatro anos volvidos regressou a Paris para pintar, projetar arquitetura e dedicar-se à procura cinética e a estudos inovadores que intitulou de "Espacillimité". Nos anos subsequentes expôs na galeria Denise René e fez investigação estética na Universidade de Paris (1956); apresentou-se no Salon des Réalités Nouvelles e publicou "La Sensibilité Plastique" (1958); apresentou pinturas na Maison des Beaux-Arts e na Galeria Divulgação, no Porto, e traçou os planos de Bagnols-sur-Cèze, cidade ligada ao centro atómico de Marcoule, e de Balata, na Martinica (1959), para o arquiteto grego Georges Candilis (1913-1995). Durante a década de sessenta trabalhou em Arquitetura, em Chaves e em Coimbra, realizou os planos de Agadir para Candilis e deixou em definitivo a Arquitetura (1965). Expôs no SNI, em Lisboa (1961 e 1968), na ESBAP (1963) e na Cooperativa Árvore, no Porto (1966), e representou Portugal na Bienal de S. Paulo (1963 e 1969). Recebeu o Prémio Nacional de Pintura (1967), foi bolseiro da Fundação Calouste Gulbenkian em Paris (1968) e ganhou o prémio Amadeo de Souza-Cardoso (1969).
Em 1970 publicou "Mécanismes de la Création Artistique", foi tema de uma exposição retrospetiva no Centre Culturel Portugais da Fundação Calouste Gulbenkian, em Paris, repetida na Fundação Calouste Gulbenkian em Lisboa, e expôs no Centre de Culture TPN, em Neuchâtel, na Suíça.
Em 1974 viajou para o outro lado do Atlântico, expôs em Nova Iorque e publicou "Aesthetic Synthesis". Em 1983 publicou "Le Sens de l'Art" e em 1996 produziu painéis para a estação dos Restauradores do Metropolitano de Lisboa. Em 16 de janeiro de 2009 teve lugar a apresentação pública do projeto da Fundação Nadir Afonso, no auditório da Biblioteca Municipal de Chaves, a construir no Centro Histórico desta cidade, segundo um projeto do arquiteto Siza Vieira, e que contará com um pólo em Boticas – Centro de Artes – desenhado pela arquiteta americana Louise Braverman. No mesmo lugar, a 25 de março, foi entregue ao Presidente da República a sua mais recente biografia, da autoria de Agostinho dos Santos que, depois deste ato solene, será publicamente apresentada no Museu de Serralves, no Porto, e no Museu do Chiado, em Lisboa. Este livro contém dados biográficos, pinturas, desenhos, fotografias, depoimentos da sua segunda mulher, Laura Afonso, e do pintor Júlio Resende, poemas do seu pai e do seu filho Artur e ainda uma análise sociológica das principais pinturas do artista por Maria José de Magalhães, da Faculdade de Psicologia e de Ciências da Educação da Universidade do Porto. Em 2010 realizou-se uma grandiosa exposição da sua obra intitulada "Nadir Afonso Sem Limites", comissariada por Adelaide Ginga e patente no Museu Nacional Soares dos Reis, no Porto, e no Museu Nacional de Arte Contemporânea do Chiado, em Lisboa. O Museu da Presidência também lhe dedicou a exposição "Absoluto 2010". A pintura da Nadir tem sido exibida em mais de uma centena de exposições e está representada em importantes museus de cidades portugueses e estrangeiras. Em Lisboa, no Porto, Amarante, Rio de Janeiro, S. Paulo, Budapeste, Paris (Centre Georges Pompidou), Berlim e Wurzburg. Há pouco tempo foi mostrada na Assembleia da República, numa exposição intitulada "As cidades no Homem". m 2011 foi convidado a ilustrar a capa do 147.º aniversário do Diário de Notícias e em janeiro de 2012 foi homenageado no Teatro Nacional S. João, com a estreia do filme de Jorge Campos "Nadir Afonso - O Tempo não Existe", com a apresentação do livro "Nadir Afonso conversa com Agostinho Santos" e com a exposição fotográfica "Nadir Afonso - No Tempo e no Lugar" de Olívia da Silva.
O artista plástico e pensador, que vivia em Cascais com a família, morreu no dia 11 de dezembro de 2013 aos 93 anos de idade.
A 5 de novembro de 2012 foi homenageado pela Universidade do Porto com a atribuição do título de Doutor Honoris Causa.