Entretanto, a situação política em Portugal degradara-se. A Ditadura não admitia vozes críticas ou a difusão de ideias democráticas, o que explica a portaria de 5 de junho de 1935 que afastou Abel Salazar da Universidade. Perdeu a cátedra e o laboratório, foi proibído de frequentar a biblioteca da Faculdade de Medicina e de se ausentar do país. O motivo invocado para o expulsar foi "a influência deletéria da sua ação pedagógica sobre a mocidade universitária." Tudo o que restava do Laboratório de Histologia coube numa carroça.
O mesmo documento afastava do serviço outros professores universitários, entre os quais contavam-se o Aurélio Pereira da Silva Quintanilha (1892-1987), professor catedrático da Faculdade de Ciências, o Sílvio Vieira Mendes de Lima (1904-1993), professor auxiliar da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, e o Manuel Rodrigues Lapa (1897-1989), professor auxiliar da Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa.
Afastado da Universidade e proibido de se ausentar do país, Abel Salazar dedicou-se então às suas preocupações sociais, filosóficas, políticas, estéticas e literárias e intensificou a sua produção artística.
No início da década de 40 voltou à Universidade do Porto para dirigir o Centro de Estudos Microscópicos na Faculdade de Farmácia e trabalhou, ainda, no Instituto Português de Oncologia.