A carreira universitária de Abel Salazar divide-se, segundo António Coimbra (1928-2021), em 4 fases. De 1916 a 1926 criou e dirigiu o Instituto de Histologia e Embriologia. Produziu trabalhos de microscopia e ensaios filosóficos e descobriu o método tanoférrico (1920). Entre 1931 e 1935, escreveu artigos sobre ciência, religião, filosofia da arte e viagens e descobriu o Para-Golgi, (1932). De 1935 a 1940, apesar da escassez da sua produção científica, fez um estudo desenvolvido do Para-Golgi (1937). Escreveu artigos sobre o neopositivismo da escola de Viena e a caracterologia de Kretschmer e envolveu-se em acesos confrontos intelectuais com António Sérgio (1883-1969) e Adolfo Casais Monteiro (1908-1972). Nos anos 40 (1941-1946) dirigiu o Centro de Estudos Microscópicos da Faculdade de Farmácia. Desenvolveu trabalhos anteriores, e com a ajuda da hematologista Adelaide Estrada (1898-1979) obteve achados científicos nas células do sangue, publicando Hematologia – Ideias e Factos Novos (1944).