Reunindo numa só estrutura os âmbitos, funções e objetivos específicos dos vulgarmente chamados Arquivo Geral e Arquivo Histórico, o serviço do Arquivo da FLUP compreende diferentes vertentes.
O Arquivo tem à sua guarda um conjunto de documentos de natureza administrativa e histórica proveniente dos diferentes serviços e a sua missão consiste em organizar, tratar e garantir a conservação, acesso e difusão da documentação do Fundo da FLUP.