Os Departamentos são subunidades orgânicas onde se agrupam os recursos humanos, materiais e financeiros associados às grandes áreas do conhecimento em que a FEUP desenvolve a sua missão, com órgãos de gestão simplificados que reportam hierarquicamente aos órgãos de gestão da FEUP.
Congregam áreas do conhecimento complementares, caracterizadas e delimitadas por conteúdos, método científico e técnicas próprias, e têm por missão enquadrar, fomentar e promover a atividade de formação, investigação, desenvolvimento e extensão nas áreas de intervenção da FEUP.