A Faculdade coopera estreitamente com instituições de renome como a Agência Espacial Europeia (ESA), a IBM, a Microsoft e a Organização Europeia para a Pesquisa Nuclear (CERN). Estes laços de cooperação permitiram modernizar os cursos, levando em consideração não só as necessidades dos muitos stakeholders portugueses e estrangeiros, como também as diretrizes de instituições como a Federação Europeia de Associações Nacionais de Engenheiros (FEANI) e a Conference of European Schools for Advanced Engineering Education and Research (CESAER). A FEUP tem vindo a alargar a sua base de cooperação, participando nas principais redes internacionais e associações de Engenharia, como é a Rede MAGALHÃES.
Em 2019, a Faculdade de Engenharia liderou um consórcio pioneiro que reúne as principais escolas de engenharia portuguesas: Instituto Superior Técnico, a Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto (FEUP), a Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra (FCTUC), a Escola de Engenharia da Universidade do Minho (EEUM), Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (FCT Nova) e a Universidade de Aveiro (UA). O objetivo do Consórcio de Escolas de Engenharia (CEE) passa pela promoção da formação e contratação de investigadores doutorados de países provenientes de países de língua portuguesa.
