Para além dos Mestrados com sede administrativa na FCUP, a Faculdade tem participação nas seguintes:

Mestrados FCUP
- Aplicações em Biotecnologia e Biologia Sintética
- Arquitetura Paisagista
- Astronomia e Astrofísica
-
Avaliação e Remediação de Solos
Curso conjunto com: FEUP
- Biodiversidade, Genética e Evolução
- Bioinformática e Biologia Computacional
- Biologia Celular e Molecular
- Biologia Funcional e Biotecnologia de Plantas
-
Bioquímica
Curso conjunto com: ICBAS
- Ciência de Computadores
- Ciência de Dados (Data Science)
- Ciência e Tecnologia de Nanomateriais
-
Ciências do Consumo e Nutrição
Curso conjunto com: FCNAUP
- Ciências e Tecnologia do Ambiente
- Ecologia e Ambiente
- Engenharia Agronómica
- Engenharia de Redes e Sistemas Informáticos
-
Engenharia Física
Curso conjunto com: FEUP
- Engenharia Geoespacial
- Engenharia Matemática
- Ensino de Biologia e de Geologia no 3º Ciclo do Ensino Básico e no Ensino Secundário
- Ensino de Física e de Química no 3º Ciclo do Ensino Básico e no Ensino Secundário
- Ensino de Matemática no 3º Ciclo do Ensino Básico e no Secundário
- Ensino e Divulgação das Ciências
- Estatística Computacional e Análise de Dados
- Física
- Física Médica
- Geologia
- Matemática
- Métodos Avançados e Acreditação em Análise Química
- Química
- Recursos Biológicos Aquáticos
- Segurança Informática
Mestrados com colaboração FCUP
- Biodiversidade, Genética e Conservação
-
Engenharia de Viticultura e Enologia
Curso conjunto com: DESC
-
Geomateriais e Recursos Geológicos
Curso conjunto com: UA
-
Informática Médica
Curso conjunto com: FMUP
- Inteligência Artificial
-
Multimédia
Curso conjunto com: FBAUP, FEP, FEUP, FLUP
-
Sistemas de Informação Geográfica e Ordenamento de Território
Curso conjunto com: FLUP
-
Tecnologia e Ciência Alimentar
Curso conjunto com: UM
-
Toxicologia e Contaminação Ambientais
Curso conjunto com: ICBAS
-
Vinho, Turismo e Inovação - Enoturismo
Curso conjunto com: E TARRAGO01, F BORDEAU01, FEP, FLUP