A FCNAUP promove, desde 2015/2016, a edição anual de prémios escolares: Prémio Doutor Emílio Peres e Prémio Professor Doutor Norberto Teixeira Santos, com o objetivo de incentivar e distinguir os estudantes.
Prémio Doutor Emílio Peres
O prémio é atribuído anualmente ao estudante com a média mais elevada em Nutrição Humana, Composição Nutricional de Alimentos e Alimentação Humana, do 2.º ano da Licenciatura em Ciências da Nutrição.
Prémio Prof. Doutor Norberto Teixeira dos Santos
O prémio é atribuído anualmente ao estudante com a maior média final da Licenciatura em Ciências da Nutrição.