A FCNAUP tem celebrado protocolos de cooperação com várias instituições e empresas relevantes no setor e tem fomentado a parceria com o tecido empresarial e civil nomeadamente através do estabelecimento de contratos de prestação de serviços com instituições e empresas de natureza diversa:
- Agrupamento de Escolas / Escolas do Ensino Básico e Secundário;
- Associações sociais, culturais e desportivas;
- Sociedades científicas;
- Instituições de Ensino Superior, nacionais e internacionais;
- Autarquias/ Municípios;
- Empresas da Indústria Agro-Alimentar, Alimentação Coletiva, Hotelaria e Turismo;
- Laboratórios e Unidades de Investigação;
- Entidades nacionais de Saúde.